În contextul unei amenințări imediate de atac din partea Israelului, comandanții Gărzilor Revoluționare ale Iranului s-au adunat într-un buncăr secret pentru a organiza o reacție. Totuși, Israelul fusese informat despre locația acestuia și despre procedurile de urgență, rezultând în distrugerea buncărului și eliminarea liderilor de vârf, inclusiv a comandantului suprem al IRGC.
Conform unui oficial israelian, "lipsa unui lider care să coordoneze acțiunile a dus la neutralizarea reacției imediate a Iranului".
În cadrul acestui atac, mai mult de 20 de comandanți iranieni au fost vizați, inclusiv liderii armatei și cei ai comandamentului militar de criză.
Între timp, agenția de informații Mossad a desfășurat operațiuni de sabotaj pe teritoriul iranian, concentrându-se pe distrugerea sistemelor de apărare aeriană și a lansatoarelor de rachete balistice. Datele obținute de Mossad au permis forțelor aeriene israeliene să atace majoritatea radarelor și sistemelor antiaeriene, asigurând astfel superioritatea aeriană pentru IDF.
Operațiunile au implicat sute de agenți, atât din interiorul Iranului, cât și din afară, inclusiv unități formate din iranieni care au colaborat cu Mossad. În diverse locații, echipele au amplasat arme ghidate în apropierea lansatoarelor de rachete și au activat tehnologie sofisticată în momentul atacului israelian. O bază de drone de atac a fost, de asemenea, instalată pe teritoriul iranian.
Dronele au atacat lansatoarele de rachete de la baza Esfajabad, distrugând rachete înainte ca acestea să fie lansate împotriva Israelului. Deși armata israeliană se pregătise pentru un posibil atac masiv cu 300-500 de rachete balistice, Iranul a răspuns cu aproximativ 100 de drone, care au fost rapid neutralizate de apărarea israeliană.
În continuare, IDF a continuat să lovească ținte iraniene pentru a preveni un contraatac major, distrugând zeci de lansatoare și depozite de rachete. Autoritățile iraniene au avertizat că vor răspunde și că Israelul va suporta consecințele acțiunilor sale, în ciuda neutralizării inițiale a reacției imediate.